Структура института

Алтайский филиал Северный филиал Аральский филиал Атырауский филиал Балхашский филиал Западно-Казахстанский филиал

Испытательный центр Лаборатория ихтиологии Лаборатория аквакультуры Лаборатория гидробиологии и гидроаналитики Лаборатория генетики гидробионтов

Административно-хозяйственный отдел Финансово-экономический отдел Организационно-правовой отдел Информационно-инновационный отдел