Западно-Казахстанский филиал «Научно-производственный центр рыбного хозяйства» был организован в 2006 году, для проведения научно-исследовательских работ на водоемах региона, имеющих рыбопромысловое значение.
Западно-Казахстанский филиал осуществляет постоянный мониторинг состояния экосистем водоемов Западно-Казахстанской и Актюбинской областей, разрабатывает биологические основы рационального использования и воспроизводства рыбных запасов, дает ежегодные прогнозы объемов вылова рыбы, предложения по правилам и режиму рыболовства. Накоплен многолетний банк данных по гидрологии, гидробиологии, гидрохимии и составе ихтиофауны изучаемых водоёмов.